Осуществляется профессиональная переподготовка и повышение квалификации специалистов по специальностям и профессиям колледжа.

    Основными направлениями деятельности колледжа являются:
-методическое обеспечение образовательных программ по Государственным образовательным стандартам с учетом современного состояния и перспектив развития здравоохранения, требований регионального рынка труда; 
-совершенствование методик личностно–ориентированных технологий;
-использование технологии сотрудничества в формировании здорового образа жизни студентов;
-совершенствование системы мониторинга качества образования и воспитания;
- внедрение интерактивных технологий в образовательный процесс;
-участие в деятельности городской и республиканской ассоциаций медицинских сестёр, фармацевтических работников.

    В соответствии с приказом Министерства здравоохранения Республики " О закреплении баз практики" 16 районных больниц и 106 аптек принимают активное участие в подготовке специалистов. Проводится постоянный мониторинг потребности специалистов, анализ адаптации выпускников на рабочих местах. 
    Методическое обеспечение учебного процесса, создаваемое на основе Государственных образовательных стандартов, постоянно совершенствуется и обновляется. Высокий уровень подготовки специалистов обеспечивается вовлечением студентов в учебно- и научно-исследовательскую работу - в кружках, клубах, университетах; в проведении предметных месячников, декадников и недель; в научно-практических конференциях.. В колледже накоплен опыт создания учебных видеофильмов, электронных обучающих и контролирующих программ, учебных пособий.

    О профессионализме студентов можно судить по тому факту, что получена позитивная оценка результатов всероссийского Интернет - экзамена по семи дисциплинам; на Республиканских профессиональных конкурсах по специальностям колледжа команды студентов БМФК постоянно занимают призовые места. Научно - исследовательская деятельность высоко оценивается во время работы республиканских конференций как студентов, так и преподавателей. 
    На базе колледжа работает Республиканская экспериментальная площадка по теме: «Профессиональное обучение с учетом здоровьесберегающих факторов образовательного процесса». 
    Колледж является базовым центром переподготовки и повышения квалификации фармацевтических кадров Республики.
Воспитательная работа планируется на основе Концептуальной программы воспитания студентов на 2005-2010 годы и Республиканской программы «Формирование гражданина нового Башкортостана» на 2002-2010 годы.
    В 2008 и 2009 годах колледж дважды стал лауреатом конкурса Золотая медаль «Европейское качество» в номинации «100 лучших ССУЗов России».