Основная цель научной деятельности Института – изучение водных ресурсов, режима и качества вод суши, экологического состояния водных объектов, проблем водообеспеченности страны; разработка методов оценки возможных изменений водных ресурсов под влиянием природных и антропогенных факторов, управления водными ресурсами. Институт является одной из ведущих научных организаций России в области фундаментальных исследований ресурсов и качества вод суши; его работы имеют высокий международный авторитет, признаны зарубежными и отечественными учеными и специалистами, развивают новые научные направления. Трудами этих ученых заложены основы современных исследований; которые успешно продолжаются и развиваются высококвалифицированным научным коллективом Института.В его составе: 3 чл.-корр. РАН, 37 докторов наук, 76 кандидатов наук. Доктора наук составляют 27% от общего числа научных сотрудников, кандидаты наук – 57%. Пять сотрудников удостоены Почетного звания "Заслуженный деятель науки Российской Федерации". Ведущие ученые избраны членами российских академий: экологической, водохозяйственной, естественных наук.