Институт начал работать в старинном здании по адресу Тимирязева, 59 в составе четырех факультетов: агрономического, зоотехнического, ветеринарного и механизации сельского хозяйства. В первый же год было открыто и подготовительное отделение. Два факультета – агрономический и зоотехнический – набрали сразу все пять курсов за счет перевода в Иркутск студентов из Тихоокеанского института и других сельскохозяйственных вузов страны. В это время ИСХИ являлся единственным сельскохозяйственным вузом на всю Восточную Сибирь.

В 1934 году было принято на первый курс 125 человек, на подготовительное отделение – 100, всего обучалось около 300 человек. В 1936 году из-за отсутствия клиник и недостатка учебной площади зоотехнический и ветеринарный факультеты были закрыты, институт продолжил работу в составе двух факультетов: агрономического и механизации сельского хозяйства.

С первых дней основания вуза в нем преподавали профессоры Н.Н. Кулешов, П.А. Яхтенфельд, Д.И. Баранский, И.В. Николаев, доценты и старшие преподаватели В.Д. Лурье, М.Х. Орем, Н.В. Дубов, А.А. Глаголев, Н.Д. Ладыгин, Н.П. Гуничев, А.Л. Казинцев, Е.В. Талалаев, Д.В. Михайлов, А.И. Иванишин, В.В. Веденяпин, И.М. Островский и др. Уже в это время в институте начали работать тогда еще молодые педагоги И.С. Буддо, А.И. Кузнецова, Р.И. Голлауэр, Я.И. Шерлаимов, Ю.Ф. Харкеевич, А.Н. Угаров, Н.И. Нусов.

За довоенный период в институте подготовлено 326 специалистов сельского хозяйства.

С первых дней Великой Отечественной войны большинство преподавателей и студентов были призваны в ряды Советской Армии. В учебном корпусе института разместился военный госпиталь, но занятия не прерывались, они проходили в жилом доме профессорско-преподавательского состава по улице Дзержинского. В грозные дни войны помыслы и дела преподавателей и студентов были подчинены одной цели – разгрому ненавистного врага. Несмотря на все тяготы войны, преподаватели и студенты смогли собрать и внести средства на строительство танковой колонны – 22000 рублей и на 12755 рублей облигаций государственных займов. В марте 1944 году Верховный Главнокомандующий выразил благодарность преподавателям, студентам и работникам института, направившим свои сбережения на усиление бронетанковых сил Красной Армии. Многие преподаватели и студенты института сложили головы на фронтах Великой Отечественной. На мемориальном памятнике возле института указаны фамилии 34 воинов-фронтовиков института, геройски погибших в борьбе с захватчиками.

В начале 50-х годов институт принимал на первый курс до 300 студентов, выпуск составлял 100-150 специалистов высшей квалификации. Шло дальнейшее развитие вуза, укреплялась материально-техническая база. С 1957 года в институте началась подготовка кадров высшей квалификации для Монгольской Народной Республики, а в 1973 году в вуз впервые приехали на стажировку сотрудники Министерства сельского хозяйства и научно-педагогические работники из МНР. Очередным этапом развития вуза стало строительство в 60-х годах прошлого века новых учебных корпусов, общежитий и жилых домов, благодаря чему он постепенно приобрел современный облик.

В 1979 году был открыт Читинский филиал вуза по заочному обучению. В 2000 году он преобразован в Забайкальский аграрный институт, филиал академии, ведущий в настоящее время подготовку специалистов по очной и заочной формам обучения. В 1996 году Иркутский сельскохозяйственный институт получил статус академии. А с 2002 года Иркутская государственная сельскохозяйственная академия получила наименование "Федеральное государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования Иркутская государственная сельскохозяйственная академия" (ФГОУ ВПО ИрГСХА).

За 70 лет существования академия подготовила около 45000 специалистов для агропромышленного комплекса Сибири, других регионов страны и зарубежных государств. Выпускники академии успешно трудятся по всей России и за ее пределами на руководящих должностях, работают специалистами в крупных производственных, учебных и научных организациях и предприятиях. Вот лишь несколько примеров: Ежевский А.А. – министр транспортного с.-х. машиностроения СССР; Малеев В.А. – глава администрации Усть-Ордынского Бурятского автономного округа; Эльгерт Н.Э. – начальник Главного управления сельского хозяйства Иркутской обл.; Попов В.А. – генеральный директор Агротехснаба; Бердников В.А. – зам. ген. директора ОАО "Масложиркомбинат"; Голышев П.В. – генеральный директор АО Агродорспецстрой; Ханайн Хурметхан — первый заместитель министра финансов Монголии; Долгополов А.А. – ректор ИрГСХА; Мальцев В.Т. – директор Иркутского НИИСХ и многие другие.

За большую и эффективную работу в деле воспитания и образования молодежи, а также значительную научную и просветительскую деятельность вуз был награжден государственными наградами: в 1984 году – Орденом Трудового Красного Знамени МНР, в 1985 году – Орденом Дружбы народов.

Основными направлениями развития аграрного образования академия считает обеспечение доступности аграрного образования для сельской молодежи по программе эксперимента по контрактной подготовке кадров сельской молодежи для реализации молодежной политики на селе. Основная наша задача – повышение качества образовательного процесса и практической подготовки студентов. В настоящее время на базе академии создан аграрный научно-образовательный комплекс. В него уже вступили ГОУСПО Иркутский и Тулунский аграрные техникумы, ГАУ Иркутский НИИСХ СО РАСХН, Иркутский региональный институт подготовки и переподготовки кадров АПК, ГОУУПУ учебно-производственный центр, Иркутский индустриально-педагогический колледж, СХАО "Белореченское", Сибирский институт физиологии и биохимии растений СО РАН, ГОУДОД ОСЮН (Иркутская станция юннатов), ГОУСПО ПУ № 55 "Железнодорожник". Основная цель создания комплекса состоит в повышении качества подготовки специалистов всех образовательных уровней и увеличении эффективности использования государственных средств на реализацию многоступенчатого и многоуровневого профессионального образования, а также реализации комплексных программ научных исследований и социально-экономического развития Иркутской области за счет интеграции ее научного, образовательного, инновационного потенциала.

Не случайно именно академия стала местом проведения "круглого стола" по проблемам развития агропродовольственного сектора Сибири и Дальнего Востока, международного сотрудничества и инвестиций, состоявшегося в рамках Байкальского экономического форума в сентябре 2004 года.