Первые выпуски врачей медицинского факультета УрГУ состоялись в 1922, 1923, 1924 годах. Всего Средний Урал получил 68 врачей.

Острый недостаток финансирования в стране побудил правительство в 1924 году перевести медицинский факультет в город Пермь. Однако уже в 1930 году Постановлением СНК РСФСР от 10 июля был создан Свердловский государственный медицинский институт. В октябре 1930 года директором приказом Наркомздрава, по рекомендации Свердловского облздравотдела, был назначен врач Катаев Пётр Спиридонович выпускник медицинского факультета УрГУ 1922 года. Кафедры института были размещены в здании городской больницы №3, институте гигиены труда и профессиональных болезней, институте туберкулёза, НИИ ОММ.

В институт были приглашены учёные из Москвы, Ленинграда, Одессы и уральских городов. Первые занятия на вечернем отделении СГМИ начались 12 марта 1931 года, а сентябре того же года приступили к занятиям студенты дневного отделения. Институт начал функционировать в составе 14 преподавателей , в том числе 3 профессора. 2 доцента и 9 преподавателей без учёной степени. Институт насчитывал182 студента. Коечный фонд, используемый кафедрами, в1934 году составлял 1135 коек.

В 1933 году в институт было принято 300 студентов. Началось строительство двух корпусов студенческого общежития. В 1936 году закончено строительство главного корпуса института ул. Репина 3, где были размещены 12 кафедр теоретического и медико-биологического профиля и администрация. К 1935-1936 гг. сформированы и укомплектованы все кафедры Института. Число преподавателей составило 135 человек, из них 25 профессоров. Первый выпуск врачей вечернего отделения состоялся в 1935 году и дневного отделений в 1936 году. Диплом врача получили 300 человек. В 1937 году Институту предоставлено право проведения защиты кандидатских диссертаций.

В 1939 году был открыт педиатрический факультет, семь кафедр были размещены в новом здании городской клинической больницы №1. В июне 1941 года состоялся первый выпуск врачей-педиатров.

В связи с войной в этом же году факультет был расформирован. В годы Великой Отечественной войны в СГМИ по распоряжению НКЗ была проведена срочная перестройка учебного процесса (директор института профессор Величкин Владимир Иванович) и создан единый факультет, который вел подготовку военврачей. В 1943 году открыт санитарно-гигиенический факультет и восстановлен педиатрический факультет. Всего за время ВОВ было подготовлено более 2000 специалистов.

Послевоенный период – это период восстановления народного хозяйства страны, развития и укрепления материально-технической базы вузов. В этот период (1946-1983 гг.) вуз возглавляли незаурядные личности, ученые, внесшие значительный вклад в развитие отечественной науки, укрепления материально-технической базы института. К ним относятся профессора-директора института:

Серебренников Валентин Сергеевич (1946 по 1952 гг.),

Зверев Алексей Федорович (1952 по 1962 гг.),

Климов Василий Николаевич (с 1962 по 1983 гг.).

В 1961 году был открыт факультет усовершенствования врачей;

В 1964 году – образована ЦНИЛ в составе восьми лабораторий;

В 1969 году - введён в эксплуатацию 3-ий учебный корпус, где было размещено 12 кафедр

В 1970 году – открыт деканат специализации врачей- интернов;

В 1971 году - было открыто подготовительное отделение;

В 1976 году – открыт стоматологический факультет.

В 1979 году – за вклад в развитие медицинской науки и подготовку медицинских кадров институт награждён орденом Трудового Красного Знамени.

Развитие специализированной медицинской помощи на Среднем Урале

По инициативе руководителей Свердловского облздравотдела Н.С. Бабича, горздравотдела М.М. Медведевой, ректора СГМИ В.Н. Климова и главного врача ОКБ №1 В.Ю. Костенецкого были созданы 32 областных и межобластных центра специализированной медицинской помощи для взрослого и детского населения.

С 1978 по 1982 год был построен и пущен в эксплуатацию Госпиталь для ветеранов войн. На базе этого госпиталя в 1991-1992 годах была организована научно-исследовательская лаборатория патологической физиологии старения (заведующий – профессор В.Н. Мещанинов). Основали лабораторию начальник госпиталя Семён Исаакович Спектор и профессор Анатолий Петрович Ястребов.

В 1980 году институт получил новое здание 5 учебного корпуса. В этом же году коечный фонд клинических кафедр вырос до 7500 коек за счёт ввода в эксплуатацию больниц № 27, 6, 7, 11, 9. К этому периоду увеличилась численность студентов до 5520 человек. В 1982 году приём студентов на 1-й курс составлял 975 человек.

С 1984 года по 2005 год Институт возглавлял Заслуженный деятель науки Российской Федерации, профессор Ястребов Анатолий Петрович(1991-2005г.).

В 1995 году вузу был присвоен статус Уральской государственной медицинской академии. Большая организаторская работа в этот период была проведена ректором по развитию новой материальной базы стоматологического факультета, развитию воспитательного процесса в студенческой среде, капитальному ремонту общежитий для студенческой молодежи. В 1999 году открыт факультет высшего сестринского дела, в 2005 - фармацевтический факультет. В 2004 году профессор А.П. Ястребов избран чл.-корр. РАМН. В этом же году академия была признана лауреатом конкурса «100 лучших вузов России».

С ноября 2005 г. по настоящее время академию возглавляет профессор Кутепов Сергей Михайлович.

Сегодня более чем на 80% лечебные учреждения Екатеринбурга и Свердловской области укомплектованы выпускниками академии, которые высоко держат марку российского здравоохранения и благодаря которым медицина Среднего Урала занимает передовые позиции в стране.

В стенах Института выросли ученые с мировым именем: В.В. Парин, В.Н. Черниговский, А.П. Полосухин, Ф.Р. Богданов, И.Л. Богданов, В.Д. Чаклин.

Ученые института стали основателями научных школ:

Хирургов. Основатель — заслуженный деятель науки РФ, член-корреспондент АМН СССР, профессор А.Т. Лидский. Продолжатели его дела — профессора В.Н. Климов, Э.К. Николаев, Н.П. Макарова, В.М. Лисиенко, И.Д. Прудков, Э.М. Идов, В.Н. Журавлев, всего более 20 докторов и более 50 кандидатов наук.

Терапевтов-кардиологов во главе с лауреатом премии СССР, заслуженным деятелем науки РФ, профессором Б.П. Кушелевским и профессором С.С. Барацем. Их последователи: профессора Е.Д. Рождественская, А.Н. Андреев, О.Г. Смоленская, В.Ф. Антюфьев, М.В. Архипов  и другие.

Неврологов и нейрохирургов. Основатель — заслуженный деятель науки РФ, профессор Давид Григорьевич Шеффер. Его ученики — более 20 докторов и 80 кандидатов наук, в том числе профессора Л.А. Нестеров, Р.Г. Образцова В.В. Скрябин, В.П. Сакович, О.П. Ковтун, М.В. Нестерова, Л.И.Волкова и другие.

Физиологов и патофизиологов. Основатели — заслеженный деятель науки РФ, академик АН и АМН СССР, профессор В.В. Парин, профессор Я.Г. Ужанский, заслуженный деятель науки РФ, член-корреспондент РАМН, профессор Анатолий Петрович Ястребов. Фундаментальные исследования продолжают их многочисленные ученики, в том числе О.Г. Макеев, В.Н. Мещанинов.

Акушеров-гинекологов. Основоположники — А.Ю. Лурье и заслуженный деятель науки РФ, профессор И.И. Бенедиктов. Продолжатели — профессора А.Е. Щербинов, В.Н. Кожевников, В.И. Коновалов, В.Н. Прохоров, Т.А. Обоскалова и другие.

Гигиенистов. Основоположник — профессор С.В. Миллер. Его многочисленные ученики и последователи: профессора Б.Т. Величковский, С.Г. Домнин, М.Ф. Лемясев, В.Г. Константинов, А.П. Боярский, А.Д. Соколов, Ю.Г. Соломин, Е.В. Готлиб, Г.Я.Липатов, Г.М.Гасыбуллина и другие.

Педиатров. Основоположники — профессора Е.С. Кроль-Кливанская и О.А. Синявская. Разработку приоритетных для Урала проблем патологии детского возраста продолжают профессора В.В. Фомин, Т.Э. Вогулкина, В.И. Шилко, А.В. Харитонова, Н.Е. Санникова, А.М. Чередниченко, А.У. Сабитов.

Хирургов-ортопедов. Основатели — заслуженный деятель науки РФ, член-корреспондент АМН СССР, лауреат Государственной премии СССР В.Д. Чаклин и заслуженный деятель науки РФ, член-корреспондент АМН СССР Ф.Р. Богданов. Продолжатели: профессора З.П. Лубегина, А.М. Волкова, С.М. Кутепов, Н.Л. Кузнецова, А.А. Герасимов и другие.

Анестезиологов и реаниматологов. Основатели — заслуженный деятель науки РФ, академик АМТН РФ, профессор Э.К. Николаев и д.м.н. Б.Д. Зислин. Их последователи — профессора В.М. Егоров, В.А. Руднов, Н.С. Давыдова, В.Г. Сенцов, А.Л. Левит, А.А. Белкин и другие.

Стоматологов. Основоположники — ведущие ученые: член-корреспондент АМН СССР, профессор А.Т. Лидский и профессор М.В. Мухин. Их последователи — профессора Б.Я. Булатовская, Л.П. Мальчикова, Г.И. Ронь, С.Е. Жолудев, Е.С. Бимбас, В.П. Журавлев.

Многие выпускники института стали крупными государственными деятелями, руководителями здравоохранения, медицинской науки – это: Захаров Федор Галактионович, Ковригина Мария Дмитриевна, Парин Василий Васильевич, Величковский Борис Тихонович, Воробьев Аркадий Никитич, Климов Василий Николаевич, Стародубов Владимир Иванович, Гуськова Ангелина Константиновна, Лазарев Василий Григорьевич, Уйба Владимир Викторович, Хальфин Руслан Альбертович, Никонов Борис Иванович,  Ястребов Анатолий Петрович, Кутепов Сергей Михайлович.

Развиваясь как единый научно-образовательный и производственный (лечебно-диагностический) комплекс, университет видит свою миссию в «Формировании интеллектуального, культурного и нравственного потенциала личности, передаче знаний профессионалами в области медицинской науки, здравоохранения и фармации через выпускников академии, фундаментальные, прикладные научные исследования и разработки для сохранения здоровья нации, устойчивого развития России». Девиз университета: «Во благо здоровья уральцев — изучать, исцелять, воспитывать!»

В 2013 году по результатам поведенной экспертизы решением Аккредитационной коллегии Рособрнадзора вузу присвоен Государственный статус образовательного учреждения высшего профессионального образования УНИВЕРСИТЕТ.